Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate

SARS-CoV-1 编码八种亚基因组 RNA，即 mRNA2 至 mRNA9。mRNA1 对应基因组 RNA。亚基因组 RNA 的 5' 和 3' 端相同，符合冠状病毒 RNA 转录的模板切换模型（Snijder et al. 2003, Thiel et al. 2003, Yount et al. 2003）。基因组正链 RNA 首先通过模板切换转录为负链（反义链）亚基因组 mRNA。随后，负链 mRNA 作为模板合成正链亚基因组 mRNA。与 SARS-CoV-1 密切相关的鼠肝炎病毒（MHV）显示，负链病毒 RNA 的量远少于正链 RNA（Irigoyen et al. 2016）。在 SARS-CoV-1 的八种亚基因组 mRNA 中，mRNA2 编码 S 蛋白，mRNA3 为双义基因并编码 3a 和 3b 蛋白，mRNA4 编码 E 蛋白，mRNA5 编码 M 蛋白，mRNA6 编码蛋白 6，双义基因 mRNA7、mRNA8 和 mRNA9 分别编码蛋白 7a 和 7b（mRNA7）、8a 和 8b（mRNA8）以及 9a 和 N（mRNA9）（Snijder et al. 2003, Thiel et al. 2003, Yount et al. 2003）。冠状病毒的模板切换模型涉及亚基因组 RNA 的不连续转录，其中 leader 体在合成反义链 RNA 时发生连接。每个亚基因组 RNA 包含与基因组 leader 相同的 leader TRS 序列，该序列通过聚合酶的“跳跃”在负链合成期间连接到体 TRS 序列，体 TRS 是一个位于每个 ORF 上游的短、富含 AU 的约 10 个核苷酸的序列，该序列将成为其中一个亚基因组 mRNA 的 5' 近端。3' 和 5' UTR 可能通过 RNA-RNA 和/或 RNA-蛋白加蛋白-蛋白相互作用促进冠状病毒基因组环化，将延伸中的反义链置于有利于 leader-body 连接的拓扑结构中。宿主的 PABP 被发现结合冠状病毒 3' poly(A) 尾并与宿主蛋白 eIF-4G 相互作用，后者是结合 mRNA 帽结构的三聚体复合物的一部分，这可能促进冠状病毒基因组的环化。两个结合于冠状病毒 5' UTR 的病毒蛋白 N 和 nsp1 可能在模板切换中发挥作用。poly(A) 尾对于在基因组 RNA 的 3' 端启动反义链 RNA 合成是必要的。新生反义链 RNA 的延伸直到遇到第一个功能性的体 TRS 基序为止。复制 - 转录复合物（RTCs）的比例固定，要么忽略 TRS 基序并继续延伸新生链，要么停止新生反义链的合成并重新定位到 leader TRS，通过复制基因组 5' 端来延伸反义链。完成的反义链 RNA 则作为模板合成正链 mRNA（参见 Sawicki et al. 2007, Yang and Leibowitz 2015）。